MonthJune 2009

Say hello to NeuronVisio

Today I released the first public release 0.1.0 of NeuronVisio.

NeuronVisio is a GTK2 user interface for NEURON simulator.

NeuronVisio connects with NEURON using the new python NEURON interface.

  • 3D visualization of the model with the possibility to change it runtime
  • Creation of vectors to record any variable present in the section
  • Pylab integration to plot directly the result of the simulation
  • Explore of the timecourse of any variable among time using a color coded scale in the 3d representation
  • the GUI runs in its own thread so it’s possible to use the console to modify/interact with the model.

pyramidal neuron model

The code is on github (which I discover create automatically a tarball for you when you tag the package… sweet 🙂 )

Eppoi mi dicono torna

Perchè gli scienziati se ne vanno dall’Italia.

Desidero evidenziare pro­prio questo: il sistema antimeri­tocratico danneggia non solo il singolo ricercatore precario, ma soprattutto le persone che vivono in questa Nazione. Una «buona ricerca» può solo aiuta­re a crescere; per questo moti­vo numerosi Stati europei ed extraeuropei, pur in periodo di profonda crisi economica, han­no ritenuto di aumentare i fi­nanziamenti per la ricerca.

Non è il caso isolato.

GitHub issue tracker is so sweet

What will you say if I tell you you can close an issue on github with just your commit message?

It’s just well done.
Check it out:
http://github.com/blog/411-github-issue-tracker

Getting away from some Gtk Warning

If you found a warning like:

GtkWarning: Ignoring the separator setting

when you are playing around with glade and pygtk it is because glade create any dialogue with the “Has separator” set to No, instead Yes.

More info in this #587288

On a side note this solved the first bug/warning on neuronvisio 🙂

HIH someone 🙂

Python import wildcard

In python is possible to import _everything_ from a module in the root namespace with

from module import *

Just don’t do it.

If you curious why look here

The good way is

import module

Intanto nel mondo

Mentre in Italia l’attacco più critico a Berlusconi viene portato dalla stampa UK, l’Iran ha espulso due diplomatici inglesi e la Gran Bretagna ha fatto la stessa cosa.

Lo sapevate che l’Iran sta tra l’Afghanistan e l’Iraq?

Si/No/Forse [Barrare con crocetta non è un referendum abrogativo]

Lo sapevate che ci sono parecchi eserciti in Afghanistan ed in Iraq.
Tipo anche quello UK?

Ma è una cosa normale?

Oggi sinceramente sono abbastanza allucinato da quello che leggo in giro…

Dal blog di Di Pietro:

Il Paese ha bisogno, in una congiuntura sociale ed economica complessa, di un uomo forte, concentrato sul governo del Paese

vabbè via, che Berlusconi era impresentabile si sapeva… ma esattamente…. che vuol dire che il paese ha bisogno di un uomo forte? (addirittura in grassetto nel suo post…)

Rabbrividiamo.
Travaglio scrive che

…. comunque sicuramente meglio degli altri anche perché gli altri non sono telegiornali, sono spazi pubblicitari al servizio del regime e poi naturalmente escludiamo pure il notiziario di Sky che però è visto da pochi intimi, amatori, appassionati e cultori del genere, stendiamo un velo pietoso su La 7 che è un altro soggetto che potrebbe spaccare il culo ai passeri, invece vediamo come lo hanno ridotto e come lo tengono ridotto, adesso si parla dell’arrivo di Mentana, nel qual caso diventerebbe un qualcosa di professionale, ….

cioè … spaccare il culo ai passeri. È decisamente una caduta di stile.
Grillo che svariona sull’Europa:

Comunque, il problema è che siamo diventati una banca. Una enorme banca europea in mano a qualche banchiere. Allora bisogna cercare qualche soluzione insieme. E la soluzione di allargarsi e allargarsi sempre più, non è una soluzione. Non vorrei essere euroscettico – che poi ti chiamano “euroscettico”. Io vorrei capire, e non ho le basi per capire. E come me alcuni milioni di cittadini. Si allarga, ma poi potrebbe scoppiare. (Gonfia un palloncino) Ma io non lo faccio scoppiare! Lo so che vi aspettate che adesso scoppi. Ma non scoppia, come è l’Europa adesso. È allargata, al limite. Ecco, questa è la soluzione. Potremmo fare uno scoppio, non c’è ancora lo scoppio. Chissà quando ci sarà se continuiamo così.

Adesso.. o sono tutti partiti per la tangente oppure quà la situazione sta realmente diventando ridicola.

Certo che vedere Berlusconi distrutto perchè l’han deciso gli inglesi e gli americani col Sunday Times come testa di ponte, dopo il guardian dà un pò di dispiacere, visto che è dal 1994 che lo aborro con tutto me stesso e questo sembra uguale allo sbarco degli alleati in sicilia….

E la resistenza è soltanto in alcune parti del paese.
Ma vedremo. Cmq rimaniamo vigili e seriamente attenti.

Tracker website and (another) git workflow

Tracker is under a massive refactoring phase for the release of the 0.7.x series and there is a lot of work carried out. So to catch up and to give better info we started to work on the website to update the info over there.

Look at our new shiny development page where you can find the details and how to install tracker from the source with all the packages that you need in a debian based distro. BTW if you know what you have to install in Fedora and friends just let us know and we are going to add them in no time.

Anyway, I started this post to highlight another hint on how to use git (and where to find later when I will forget…)

The good news is Tshepang stated to contribute to the tracker website (source tracker website – if you feel like patches are always welcomed and yes you have to download all the gnomeweb-wml module).

Before today I always used git as a stand alone developer, but now I had to figure out how to track the changes in the master form the other projects, without losing all my work and the patches.

So here is the solution of this riddle.

From the master create your own branch

git checkout -b WIP

apply the patch and work on the branch

git am 0001-super_patch.patch

hack hack hack

git commit -am "A lot of good stuff"

Now you ready to go. You want to put back your changes in the master and then push on the server.

How to do that?

You must rebase your local Work In Progress branch with the local master that track the remote master. eh? yeah. Let’s go through the command:

git checkout master #Back in master

git pull # Grab all the new updates

git checkout WIP # Back in WIP

git rebase master #The Black magic. Commit all you change on top of the master ones

and now you good to go:

git checkout master # Back in master
git merge WIP # It’s gonna be a fast foward merge so no commit message will be created; that is exactly what you want, because the meaningful commits’ messages are in the WIP branch and a commit with the message “merged WIP” is not that interesting.

git push # And we go online. 🙂

On a side note:
gitg is your friend.

gitg screenshot

gitg screenshot

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