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Science is all about sharing ideas with the others

October 25, 2007 / / 0 Comments

Today I had a really nice conversation during the 9th EMBL PhD Symposium on “Patterns in Biology” at the EMBL in Heidelberg.

Science is sharing ideas with others. That was a really good sentence that has popped out during a really nice conversation between me and some friends.

Mainly you can speak about everything, create new models, propose new approaches, give an idea and then there is always the experiment. It’s always possible to fall back to the raw data and check what really is going on.

Without the sharing of ideas there will be no progress and any new idea will pop up. That’s why I’m really interested in the open science proposed by the bioinformatics zen.

More over this post of a possible workflow as notified by Giovanni here, makes really clear that sharing ideas is the good thingTM to do.

“Dry Lab” Notebook, un’idea veloce

October 12, 2007 / / 2 Comments

Leggendo qui mi è venuta un’idea.

La domanda è: qual’è il miglior metodo per salvare i propri progressi sul lavoro di ricerca che si sta compiendo su base giornaliera.

Analizziamo le varie possibilità

Wiki

Il wiki ha senso soltanto se il rapporto giornaliero è condiviso tra tutti coloro che lavorano nel gruppo.

Questo ovviamente ha pochissimo senso nel caso di un diario personale perchè:

1) Non crei post su base giornaliera, bensi li crei per argomenti

2) Non è auto-organizzabile, ma necessità di un grande lavoro.

Blog

Il blog ha più senso del wiki perchè:

  1. Crea automaticamente post su base giornaliera, in modo automatico, ma bisogna scriverli
  2. Con un sapiente utilizzo di categorie/tag si riesce ad individuare post che tirano le somme e post che invece raccolgono idee.

Trac+Svn

E’ un buon strumento se vengono eseguiti dei commit con commenti decenti, tuttavia il wiki presente secondo me non ha troppo senso. Inoltre tutto trac forse è troppo per un singolo.

La soluzione ottimale

Quello che serve secondo me è una somma tra un blog ed un sistema tipo trac.

Il punto è non sprecare troppo tempo nel descrivere e raccontare quello ovvio, ma utilizzarlo o per sviluppare o per pensare.

Cosa è ovvio:

  • il messaggio di commit sulla repository racconta cosa è successo. Inutile replicarlo. Basta renderlo evidente. (trac già lo fa)
  • L’aggancio delle modifiche con i sorgenti ed i diff tra le varie versioni. (trac già lo fa)

Cosa non è ovvio:

  • Informazioni aggiuntive su quel tipo di commit, futuri sviluppi o possibile

Cosa non è ovvio:

  • Le idee alla base del progetto, come ed in quale modo andare avanti
  • Idee diverse che possono portare al progetto possibili evoluzioni.

Quindi un blog che automaticamente mette i commit fatti con (git/svn) in una categoria apposta, dove ritrovare tutte le informazioni necessarie e la possibilità di navigare i sorgenti sarebbe utile per tenere

Praticamente come trac, ma con la differenza che non sia un wiki, ma sia un blog. Inoltre la creazione automatica del post di commit permette di mettere all’interno del post il perché del commit e quali modifiche sono state apportate.

Ok, questo post è un casino. Ma tra la nebbia la vedo la soluzione… Forse

Supporto a De Magistris

October 7, 2007 / / 0 Comments

Appello per la Giustizia - Per De Magistris

Lottare per la legalità è l’unica battaglia possibile. Questa volta siamo tutti troppo attenti per riuscire a farla finita con un colpo di mano.

Questo blog supporta l’iniziativa “E adesso trasferiteci tutti”.

Piccoli risoluzioni e problemi marginali

October 7, 2007 / / 1 Comment

Ho fatto l’upgrade da feisty a gutsy ed ho scoperto due cose importanti:

L’ avanzamento viene eseguito con

update-manager -d -c

senza utilizzare sudo, perchè l’update-manager si interfaccia con D-Bus e non c’è nessun D-Bus funzionante per l’utente root. Quindi dovete farlo da utente normale.
Evolution, subito dopo l’aggiornamento fà un casino bestia con lo SPAM, perchè il nuovo plugin di default è bogofilter. Siccome a me non funziona e Spamassasin si è sempre comportato molto bene ho deciso di riutilizzare quello. Dovete ricordarvi di installarlo però.

sudo apt-get install spamassassin

Firefox fa un pochino casino con il suono quando ci sono i video col sonoro (credo un conflitto con skype o cose del genere).

Il pensiero scientifico

October 3, 2007 / / 0 Comments

Leggendo da “Deviazioni perfettamente ragionevoli dalle vie battute”, una raccolta dei rapporti epistolari[1] di Richard Feyman viene fuori una delle più eleganti definizioni che conosco sul metodo scientifico:

“Lo scopo del pensiero scientifico è di predire ciò che accadrà in circostanze sperimentali date. Qualunque discussione filosofica non è che un modo per eludere il punto.”

[1] Non sono sicuro di volere veder pubblicate le mie lettere in un libro postumo. Ok, si. Se è postumo non me la prendo più di tanto. Tanto oramai…..

Generazione U e la democrazia diretta

October 1, 2007 / / 0 Comments

Il 14 ottobre ci sono le primarie del partito democratico.

Io voto Generazione U, per le idee di Democrazia Diretta di cui sono promotori.

Ah, si. Io sono uno tra i promotori. Nonché candidato. 🙂

Ho visto giusto oggi questo post di Travaglio. Non posso essere più che d’accordo.

Ci sono solo 55 Liste a livello nazionale. Quindi non sò se nel vostro collegio è presente. Qui potete vedere le liste presenti comune per comune.

Chissà se riusciamo a riprenderci questo paese e ridarlo ai cittadini. Chissà. Intanto una piccolo passo lo facciamo.

Cercando di capire qualcosa su GIT

September 25, 2007 / / 0 Comments

Siccome non ho ancora utilizzato git seriamente e sto cercando tuttavia di farmene un’idea vi dò un paio di lin interessanti:

  1. Il workflow che dovrebbe essere utilizzato per git
  2. giggle, Un simpatico programma grafico per tenere git sotto controllo senza impazzire.
  3. Un utilissima introduzione a git con un crash course che compara svn con git.
  4. La home page di git.

Tre cose che ho capito:

  • ho sentito il bisogno di fare un commit di tipo locale e non portarlo su svn. Scrivere perché e cosa. git poteva risolvere il mio problema.
  • git funziona male su windows e bene su linux. E chi se nefrega direte voi. Bhè, anche io. Windows non lo utilizzo.
  • git ho la capacità di poter portare tutto il lavoro che fate su subversion. Quindi questo non rompe la compatibilità con i vari svn che abbiamo in giro.( e ne abbiamo vagoni…)

Sarà git la soluzione a tutti i nostri problemi? No. saranno i neutrini. Rimango anche abbastanza preoccupato dell’aumento dell’entropia.