An Eye to the World, an Eye to the Net
Perchè gli scienziati se ne vanno dall’Italia.
Desidero evidenziare proprio questo: il sistema antimeritocratico danneggia non solo il singolo ricercatore precario, ma soprattutto le persone che vivono in questa Nazione. Una «buona ricerca» può solo aiutare a crescere; per questo motivo numerosi Stati europei ed extraeuropei, pur in periodo di profonda crisi economica, hanno ritenuto di aumentare i finanziamenti per la ricerca.
Non è il caso isolato.
Se ne era già parlato quà.
Mentre tutti protestano in maniera forte Salvatore Settis sul Sole spiega che in Italia gli scienziati ci sono, ma se ne vanno in maniera veloce.
Il vostro può tranquillamente essere inserito nel carnè, visto che sta facendo il PhD a Cambridge.
Tuttavia il vostro pensa che stanno facendo molto bene ad occupare tutto.
Siete fantastici.
The bioinformatics survey proposed by Bioformatics zen during july is over.
As expected the USA is the country with the numerous entries, but France in second place looks to me as a surprise.
As usual Italy is one of the last country for number of entries (but at least is there :))
Into macro regions the Europe is rocking!
Have a look the other initial charts here.
More to come.
When I was at the predoc course in Heidelberg I saw that a lot of my friends, real experimental biologists, where a little bit confused in which tool use to do a bioinformatic job and where to grab it.
On top of that there was another problem that was related to the big number of bioinformatics software available out there and how to make a choice between them.
So I come up with the idea of the biocompass that I will try to explain.
Biocompass will be a web-portal where scientists can ask question about specific bioinformatics topic and other user can try to give an answer, giving the idea where it’s worth to look.
Let me try to explain it with some examples:
Sarah is an experimental biologist and she has a sequence of a DNA. She want to know if this sequence is a gene and, in that case, if it function is known. However she doesn’t know how to do it.
She comes to biocompass web-portal and post the question over there. The systems checks if there are similar questions already asked, if they are the system is going to show the first 5 hits that are similar to the problem proposed by Sarah.
If Sarah is satisfied with it, she will accept the answer and the system will store original question into the database for further reference and to increase the precision of the system.
In the other case Sarah decide to post the question to the attention of the other people subscribed to the portal.
The system will ask her to categorize the question into one of the available categories, like for example genetic, molecular dynamic, philogenetic, simulation, …
She will be guided through an easy but systematica process to end up with a really well organized entry.
The system will propose a set of tags already present in the database to atick them to the question, to have a more fine-grained search later on.
Now comes another important innovation about biocompass, the filtering. Nowadays there is too much information that cannot be processed in a reasonable amount of time. That’s why we need system to filter and select only the information that we really want to know.
Andrea is a bioinformatician working on genetic alignment. She has subscribed to biocompass and she decided to follow the genetic category only. This means that she is going to receive update only when there is a new question in the genetic category, ignoring all the others; they are not is field and she cannot be helpful over there.
Andrea sees the new question coming. She is following the new questions with a RSS feed that she prefer over the mail system.
She knows the answer. A BLAST search can give an hint about the DNA sequence. She suggest to use BLAST as a starting point for the research, linking it to the BLAST page entry.
This is an internal page in biocompass, where there is a small description about the software, the link to the ufficial website, and the number of user that have found the tool useful or not to solve this problem.
The rating is given by other user that has found the software good to solve this kind of problem, giving an idea how good and useful is the software itself.
The system shows also a bunch of related softwares that can be useful to solve this kind of question (ClustulW, BLAT, …)
Sarah gets the update from biocompass with the answer coming from Andrea. She now can start the investigation about her DNA sequence.
Here we are. Biocompass has act as a real compass, to give the direction where to start. This time the needle was pointing to BLAST direction, next time is going to point somewhere else.
This article is also at http://phdblog.scampsonline.org/
Io credo che questo articolo del Corriere che riporta gli stipendi dei ricercatori italiani, sommato alle condizioni assurde in cui ti trovi a lavorare nel bel paese fanno capire perchè la gente se ne và.
Lavorare in un paese dove prendi di meno che negli altri, dove l’assegnazione dei fondi non viene fatta su base meritocratica, dove le strutture sono insufficienti o fatiscenti se non assenti è impossibile.
Quindi la gente se ne và. E l’innovazione viene fatta altrove.
Mi sembra logico.
I’ve hit galaxy following the link of Bioinfusion.
Galaxy looks like a really pretty User Interface to do not trivial task. From the screencast it looks quite promising.
Only one suggestion: the refreshing time should show the total amount of seconds needed, not only 10 sec and 10 sec again.
It gets me anxious.
CiteUlike e ottieni la bibTex già bella e pronta.
Cmq io uso Referencer.
Se non sapete di cosa sto parlando, sto parlando di citazione bibliografica all’interno di articoli scientifici scritti utilizzando il LaTeX.
Se non sapete cosa è il LaTeX qui per iniziare.
Secondo questo articolo uscito su Nature in Italia si starebbe modificando il criterio di selezione dei ricercatori.
L’idea è introdurre il merito invece che utilizzare il numero di anni spesi sotto l’ala protrettrice del professore-barone (o professoressa-baronessa).
Vedremo. Sicuramente l’Italia ha la sua risorsa nel capitale umano, da secoli. Se venisse creata una struttura per fare ricerca che abbia le caratteristiche di essere:
sicuramente il piano potrebbe riuscire.
Manca la volontà politica e la ricerca scientifica viene vista dalla magigor parte della gente come uno spreco di soldi. Bisogna cambiare questa idea.
Questo è un modo per iniziare bene la giornata.
Ma molto bene.
Un farmaco contro la malaria ad un dollaro sviluppato da Medici senza frontiere. L’ASAQ sconvolgerà il mercato farmaceutico e salverà molte vite.
via repubblica
Visto che:
e preso atto che i nostri politici non fanno altro che pensare a tutta’altro abbiamo deciso di creare una Mailing List aperta su GoogleGroups, italiani_inricerca nella quale cercare di avere la possibilità di analizzare e proporre soluzione allo stto delle cose.
Siete tutti/e invitati.